作用不同：

超净工作台的作用：通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级洁净度，保证生产对环境洁净度的要求。

生物安全柜的作用：是防止实验操作处理过程中某些含有危险性或未知性生物微粒发生气溶胶散逸的箱型空气净化负压安全装置。

分类不同：

超净工作台主要分两类：一类是水平层流，另一类是垂直层流。根据操作结构分为单边操作及双边操作两种形式，按其用途又可分为普通超净工作台和生物超净工作台。

生物安全柜主要分三类：一是按照NSF49标准，生物安全等级1级（P1）的媒质是指普通无害细菌、病毒等微生物；二是生物安全等级2级（P2）的媒质是指一般性可致病细菌、病毒等微生物；三是生物安全等级3级（P3）的媒质是指烈性/致命细菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；

生物安全等级4级（P4）的媒质是指烈性/致命细菌、病毒等微生物，感染后不易治愈。此标准将生物安全柜分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ级，可适用于不同生物安全等级媒质的操作。

用途不同：

超净工作台是一种提供局部无尘无菌工作环境的单向流型空气净化设备。适用于医药卫生、生物制药、食品、医学科学实验、光学、电子、无菌室实验、无菌微生物检验、植物组培接种等需要局部洁净无菌工作环境的科研和生产部门。也可连接成装配生产线具有低噪声、可移动性等特点。它的使用对改善工艺条件,提高产品质量和增大成品率均有良好效果。

生物安全柜广泛应用于微生物学、生物医学、基因工程、生物制品等领域的科研、教学、临床检验和生产中，是实验室生物安全中一级防护屏障中最基本的安全防护设备。